植物生产是食物链的底层，种植业是养殖业的饲料来源，是加工的原料来源，植物生产的投入品的研发和管理是有机生产的关键要素。

有机生产禁止使用绝大部分的化学合成投入品，在GB/T19630有机产品标准附录A中给出了有机植物生产中允许使用的投入品清单列表，列表从投入品来源上进行分类，这些物质的来源基本以植物来源、动物来源、微生物来源和矿物来源等可降解可循环低残留风险的物质来源为主。

其中，有机生产中允许使用的土壤培肥物质包括植物来源、动物来源、微生物来源等可自然分解降解和代谢循环的各种有机质来源的肥料，如有机肥（包括农家肥、饼肥）、生物有机肥、微生物菌剂、草木灰，及未经过化学处理和添加化学合成物质的天然矿物质来源肥料，如来自于天然矿物来源的钙镁磷肥、磷矿石、钾矿粉、天然硫磺、天然石灰等。这些类别的投入品在经过正确的处理后作为土壤培肥物质不会对土壤和水体造成污染，缓释长效，通过培肥土壤为作物提供养分，能为作物所长效吸收，更有利于有机质的循环利用。

商品化肥料用于有机农业生产时，需要根据在GB/T19630有机产品标准附录C的要求进行评估。

植保投入品除了植物来源、动物来源、微生物来源和矿物来源，还包括少数其他相对安全可降解不易产生抗药性的其他类别，包括二氧化碳、乙醇、海盐和盐水、明矾、软皂、乙烯以及仅用于诱捕的昆虫性外激素和磷酸氢二铵。

GB/T19630有机产品标准附录A规定的有机生产中允许使用的植物来源、动物来源、微生物来源和矿物来源植保产品主要包括：

植物来源：如天然植物提取的植物源农药，如苦参碱、小檗碱、蛇床子素、大黄素甲醚，

矿物来源：如矿物源农药：包括氢氧化铜、石硫合剂、波尔多液、轻矿物油等

动物来源：如昆虫天敌，如赤眼蜂、捕食螨、瓢虫、草蛉，

微生物来源：如微生物农药：包括

真菌类：包括使用较为广泛的白僵菌、绿疆菌、哈茨木霉、寡雄腐霉、厚垣轮枝菌

细菌类：如广泛使用的杀虫剂Bt 苏云金芽孢杆菌，以及枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜡质芽孢杆菌等

昆虫病毒类：如防治鳞翅目夜蛾类的核型多角体病毒